Решением исполнительного комитета Брестского городского совета народных депутатов № 319 от 30 июня 1988 года был открыт городской детско-юношеский клуб юных моряков с флотилией.
С 2011 года – ГУО «Центр юных моряков с флотилией г. Бреста». Для размещения Центра отделом образования горисполкома у Дистанции гражданских сооружений Брестского отделения Белорусской железной дороги было арендовано здание по адресу: г. Брест, ул. Шевченко д.102/1. На берегу реки Мухавец выделена территория для базирования учебных судов и шлюпок.
Директором был назначен капитан II ранга запаса Рихтер Борис Михайлович, который руководил клубом до октября 1993 г.
Сменил его у штурвала капитан III ранга запаса Сырица Ростислав Антонович (1993-1995гг.)
Двенадцать лет на капитанском мостике стоял капитан II ранга запаса Клим Михаил Николаевич (1995-2007гг).
В сентябре 1988 года 200 курсантов первого набора приступили к занятиям, которые проводились на базе общеобразовательных школ. К началу 1989-1990 учебного года в здании клуба были оборудованы кабинеты: навигационной прокладки, лингафонный, морской практики, океанологии, судовождения. В 1989 году введён в эксплуатацию класс КУВТ «Корвет».
В октябре 1988 года Гомельским речным пароходством была передана баржа, которая после переоборудования получила название «Лира» и используется в качестве базы для стоянки, текущего ремонта судов и хранения имущества. Сегодня она носит название «Юнга».
Весной 1989 года из города Феодосии получены три пластиковые шлюпки ЯЛП-6 с парусным вооружением и подвесными моторами. В июле того же года из Архангельска были доставлены две шлюпки ЯЛ-6. На этих шлюпках сразу приступили к подготовке сборной команды клуба для участия в первом Всесоюзном слёте юных моряков и речников.
В 1989 году создан музей океанологии, начинает работу первый компьютерный класс "Корвет". В 1989 году команда клуба принимает участие во Всесоюзном слёте клубов юных моряков в городе Петрозаводске. В 1990 году делегация клуба посещает Высшее военно-морское инженерное училище им. Ф.Э.Дзержинского в городе Ленинграде. Здесь ребята познакомились с жизнью курсантов. В 1992 году команда клуба принимала участие в слёте клубов юных моряков в городе Архангельске, посвящённом 50-летию Соловецкой школы юнг. На этом слёте команда КЮМ заняла I место по метанию выброски и III место по флажному семафору.Курсанты клуба участвуют во всесоюзном слете КЮМов в городе Петрозаводске, где занимают пятое место.
В июле 1990 года из Архангельска был получен модифицированный парусно-моторный бот «Дельфин».
В 1993 году курсанты, совместно с клубом юных моряков г. Ижевска принимают участие в многодневном шлюпочном походе по реке Кама. Летом следующего года юные моряки из Ижевска посетили Брест и совершили совместный десятидневный поход по реке Мухавец и Днепровско-Бугскому каналу. В 2000 году для ребят была организована экскурсия в город Санкт-Петербург, а в 2006 году делегация клуба посетила корабли Черноморского флота в городе Севастополе.
1990 год. Из Феодосии и Архангельска были доставлены 10 шлюпок ЯЛ-6.
1990 год. Делегация клуба посещает Высшее военно-морское инженерное училище им. Дзержинского в Ленинграде.
1993 год. Команда клуба принимает участие в многодневном шлюпочном походе по р.Кама совместно с КЮМ г. Ижевска.
1997 год. По инициативе клуба одному из буксировщиков присвоено имя юнги Олега Ольховского, героически погибшего при освобождении города Пинска. В нашем музее имеются экспонаты, раскрывающие героизм юнги Днепровской флотилии.
1998 год. Делегация клуба посещает Высшее военно-морское инженерное училище им. Дзержинского в Ленинграде.
1998 год. Теплоход «Фрост» был подарен клубу одноименной российско--белорусской компанией.
2003 год. Клубу исполнилось 15 лет.
2006 год. Делегация клуба посещает корабли Черноморского флота РФ в Севастополе.
2008 год. Директором клуба становится Бешанов Владимир Васильевич, капитан 3 ранга
Октябрь 2008 года. Клубу исполнилось 20 лет.
Апрель 2009 года. Состоялся ознакомительный визит в Гомельский клуб юных моряков.
С 2010 года по 2017 год Центром руководил Ярмошук Николай Петрович.
Сентябрь 2011 года. В результате реорганизации из состава отдела образования Брестского городского исполнительного комитета наше учреждение выделено в государственное учреждение образования «Центр юных моряков с флотилией г.Бреста» на основании решения Брестского городского исполнительного комитета от 28 июня 2011 года № 1194 «О создании юридических лиц»
В 2012 году Центр совместно с Гомельским центром юных моряков и речников и Гомельским общественным объединением "Федерация парусного спорта" принял участие в ежегодной международной парусной регате «Победа-2012», которая проходила с 25 мая по 8 июня. В регате принимали участие заведующий морским отделом Луцкевич Владимир Васильевич и трое учащихся Центра Писарчук Владислав, Сторожук Александр, Даниленок Артем. География этого увлекательного похода была довольно обширной. Регата проходила по рекам Сож, Днепр и в акватории Киевского водохранилища. Одновременно с белорусскими спортсменами в соревнованиях на Кубок мэра г. Славутич принимали участие яхтсмены из различных городов Украины.
В сентябре 2012 года ГУО "Центр юных моряков с флотилией г. Бреста" заключил договор о сотрудничестве и взаимодействии между ГУО «Центр юных моряков с флотилией г. Бреста» и Коммунальным внешкольным учебным заведением «Севастопольская детская морская флотилия имени Адмирала Флота Советского Союза Н.Г. Кузнецова».
2 апреля 2018 года коллективу Центра был представлен новый директор - Пролиско Евгений Михайлович.
С 1 сентября 2018 года в Центре работают 3 отдела: морской направленности, досугово-физкультурно-оздоровительный и туристко-краеведческий.
Благодаря участию в проекте Европейского Союза MOST делегация Центра юных моряков Бреста из трех человек (педагоги дополнительного образования Голубкович И.П., Строк И.В., Кузьмич Н.В.) смогла осуществить ознакомительную поездку в Морскую академию г. Щецин (Польша) 6-8 мая 2019 года. Наши педагоги смогли побывать с экскурсией в академии, познакомиться с ее деятельностью, посмотреть на достопримечательности города.
В феврале 2020 года состоялась ознакомительная поездка делегации Центра в Эстонию с целью посещения Клуба юных моряков г.Нарва.
В 2020 году в составе флотилии вместо буксировщика "Олег Ольховский" появился катер "Яна".
15 апреля 2022 года был заключен договор о сотрудничестве между ГУО "Центр юных моряков с флотилией г.Бреста" и Государственным университетом морского и речного флота имени адмирала С.О.Макарова (г. Санкт-Петербург).
В 2023 году Центру исполнилось 35 лет.
21 ноября 2023 года был заключен договор о сотрудничестве между ГУО "Центр юных моряков с флотилией г. Бреста" и Тульским областным отделением Всероссийской общественной организации "Русское географическое общество", который предполагает обмен делегациями, знаниями и опытом.
19 февраля 2024 года был заключен договор о сотрудничестве между ГУО "Центр юных моряков с флотилией г. Бреста" и МОУ ДО "Ярославский детский морской центр им. адмирала Ф.Ф.Ушакова", который предполагает обмен делегациями, знаниями и опытом.